Кубо, мальчик с волшебной лютней, живёт тихой жизнью, рассказывая истории. Но духи прошлого во главе с Злой Сестрой и Дедом-Лунным Королём настигают его, требуя его глаз. На защиту встают лишь загадочные самурай Обезьяна и насекомое-самурай Жук. Чтобы выжить и раскрыть тайну своего рода, Кубо должен найти три части легендарных доспехов отца — непобедимого воина Хандзо. Это путешествие о памяти, семье и силе историй.