Дочь морского колдуна, рыбка Поньо, сбегает из океанских глубин. Её выбросило на берег в стеклянной банке, где пятилетний мальчик Сосукэ дарит ей имя и новую жизнь в ведре с водой. Между детьми рождается чистая дружба, а одно лишь прикосновение к человеческой руке зажигает в маленькой беглянке невероятную мечту — любой ценой превратиться в девочку и быть рядом со своим спасителем. Но её волшебная сила нарушает баланс мира, вызывая великий потоп.