В постапокалиптическом мире, почти уничтоженном вирусом, последние люди живут под куполом города Бреген. Загадочная и смертоносная ассассин Эон Флакс получает задание убить влиятельного лидера Тревора Гудчайлда. Однако её миссия осложняется обрывками воспоминаний и странной связью с целью. По мере расследования она раскрывает шокирующие тайны о городе, его правителях и собственной идентичности, бросая вызов самой основе своего существования.