После смерти деда Джейкоб отправляется на таинственный остров, чтобы разгадать оставленные им загадки. Там он находит разрушенный приют и обнаруживает, что истории о необычных детях — правда. Он встречает их самих: они живы и скрываются в временной петле 1943 года под защитой мисс Перегрин. Чтобы спасти своих новых друзей от ужасных тварей-пустошей, Джейкоб должен раскрыть собственную уникальность и вступить в битву между светом и тьмой.